我两天前离开了，他们要求我支付1000元罚款，是否合法

不合法。工厂宿舍抽烟罚款不合法，依据《劳动法》等相关法律，工厂无权对劳动者直接罚款，若因此克扣工资违法，可投诉处理。工厂若以此克扣你工资，违反了法律规定，你的权益会受损，可能面临工资被无故克扣的风险。
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不同情况处理：1.若工厂坚持罚款，可先尝试沟通解释，说明罚款不合法。2.沟通无果，则向劳动行政部门投诉，请求介入处理。3.若投诉后工厂仍违规，可准备相关证据，考虑提起劳动仲裁或诉讼。
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常见的处理方式有协商、投诉或法律途径。你可先与工厂协商，协商不成可向劳动行政部门投诉，若工厂仍违规，可通过法律手段维权。选择方式时，要考虑效率和你的实际诉求。